Beskæring af kronen har to formål. Den skal både reducere træets vækst for at holde den i den ønskede størrelse. Og så beskæres træet så man opnår den ønskede form.
For de løvfældende træers vedkommende kan man inden løvspring beskære eller helt fjerne grene, der enten er blevet for lange eller overflødige. Eller det kan gøres i efteråret omkring løvfald. Måske er kronen blevet for tæt og må derfor tyndes ud.
I hele vækstsæsonen vil det være nødvendigt at klippe nye skud tilbage til 1., 2. eller 3. bladpar, alt afhængig af træets form og art.
De stadige reduceringer af tilvæksten vil være medvirkende til at træet får mindre blade, der er i bedre harmoni med træets størrelse.
Blomstrende bonsai som f.eks. kirsebær, jasmin, azalea, ribes m. fl. skal først beskæres lige efter blomstringen, og de må ikke klippes for sent i eftersommeren, da de så ikke kan nå at sætte næste års blomsterknopper. Er fokus alene på vækst og ikke blomstring, kan de beskæres fra forår til sensommer.
For de stedsegrønne bonsais vedkommende (fyr, ene, cypres osv.) skal beskæring finde sted i den sene vækstperiode i efteråret hvor saftspændingen er lavere.
